阿尔卡拉大学成立的时间是1499年，创办人是西班牙摄政王、红衣主教西斯内罗。该大学将当时最优秀的巴黎和塞拉曼加传统教育模式，与更具创新性的波隆那和卢万等模式融合在一起。大学成立之后，在欧洲文艺复兴时期和西班牙人文主义思潮中扮演了先锋者的角色。红衣主教西斯内罗希望它能起到一个熔炉的作用，不仅为教会改革培养神职人员，同时也为西班牙王室输送迫切需要的优秀人才。在16世纪和17世纪期间，阿尔卡拉大学发展成为伟大卓越的学术研究中心。