船舶与海洋工程学院的前身造船系是1959年4月18日受海军委托而创建（朱九思院长曾兼首任系主任）。经刘颖、程天柱、郑际嘉等船舶领域知名专家以及一批批科技人员的辛勤工作而发展至今。1980年，造船系改名为船舶工程系，1984年改名为船舶与海洋工程系，1997年，以船舶与海洋工程学科为主体，成立交通科学与工程学院。2008年4月8日，华中科技大学船舶与海洋工程学院正式成立。

学院分别于1981年、1984年获得硕士学位、博士学位授予权，是全国第一批有学位授予权的学科点，1995年建立船舶与海洋工程博士后流动站，1998年船舶与海洋工程被批准为湖北省重点学科，1990年获轮机工程硕士授予权，2000年获一级学科博士、硕士学位授予权，2007年，船舶和海洋水动力实验室获批湖北省重点实验室（筹），2008年船舶与海洋结构物设计制造被批准为省重点学科，2010年，“船舶和海洋水动力湖北省重点实验室”通过验收。2013年，获批“船舶与海洋工程”一级学科湖北省重点学科。2014年，参与上海交通大学牵头的“高新船舶与深海开发装备协同创新中心（2011计划）”获得教育部、财政部认定。2015年，参与上海交通大学牵头的“中国海洋装备工程科技发展战略研究院”获得中国工程院批准。2016年，获批国防科工局“船舶设计与制造”主干类国防特色学科。2017年，参与中船重工750试验场牵头的“海洋工程装备检测试验技术国家工程实验室”获得国家发改委认定。2018年，“船舶数据技术与支撑软件湖北省工程研究中心”获得省发改委认定。学院是两大国际组织ITTC和ISSC的成员单位。

学院现设有船舶与海洋工程、轮机工程2个本科专业，船舶与海洋结构物设计制造、轮机工程、水下工程三个硕士点和博士点。目前学院有教职工50余人，其中教授10人，副教授22人，在校学生1千余人。学院曾获国家科技进步一、二等奖4项，省级科技进步特等奖1项，一、二、三等奖30余项。